Yûma Kuga est un étudiant étranger qui vient d’arriver dans la ville de Mikado. Osamu Mikumo, un autre élève de sa classe est chargé de s’occuper du nouveau venu, mais le premier jour à la sortie des cours, ils assistent à l’ouverture d’une brèche dans la réalité, et à l’apparition d’un Neighbor, race d’envahisseur qui vient d’un autre monde. Osamu intervient et utilise une arme issue de la technologie ennemie, le Trigger, qui lui permet de faire appel à des pouvoirs spéciaux. Ce jeune étudiant à l'allure docile se révèle être un membre du Border, l'organisation de soldats d'élite qui contient l'invasion des Navers. Mais peu aguerri, Osamu se retrouve en fâcheuse posture et est alors sauvé par le chétif Kuga, lui aussi en possession d'un Trigger… mais d'une puissance sans commune mesure avec celui d'Osamu… Quelle est la véritable identité de Kuga ? Quelle est la raison de sa présence dans la ville de Mikado ?

La ville de Mikado est envahie de terrifiantes créatures, les Neighbors, depuis qu’un portail vers une autre dimension est apparu. Pendant longtemps, les humains ont été démunis face à cette puissance, jusqu’à la création de la force de défense Border, dotée d’armes spéciales, les Triggers. Le jeune Osamu Mikumo fait partie de cette organisation. L’histoire commence lorsqu’il fait la connaissance d’un nouveau venu dans sa classe, Yûma Kuga, originaire de l’autre monde…