Naruto est de retour !! Après trois ans d'entraînement avec Jiraya, il retrouve ses camarades de l'Académie Ninja ainsi que ses professeurs à Konoha. Tous ont évolué, y compris les ninjas du village de Suna. Seul Kakashi semble être resté fidèle à lui-même ! Hélas, les retrouvailles sont de courte durée. Gaara, devenu depuis peu Kazekage de son village est menacé par l'Akatsuki. Konoha envoie ses 2 meilleures équipes pour leurs prêter main forte : celle de Gai et Kakashi. Leur mission ? Sauver Gaara des griffes de l'Akatsuki et les empêcher de délivrer le démon qui sommeille en lui. Malheureusement, prêts à tout pour mener à bien leur mission, l'Akatsuki envoie deux de ces éléments : Deidara et Sasori, qui parviennent à enlever le Kazekage... Naruto arrivera-t-il à sauver son ami ?

Cela fait désormais trois ans que Naruto est parti de Konoha en entraînement spécial avec le Sannin légendaire Jiraya, avec toujours en tête son fol espoir de retrouver son ami Sasuke et de le ramener parmi les siens au village. Cette suite des aventures du ninja à la tignasse dorée reprend avec son retour dans le village de Konoha, marquées par diverses retrouvailles avec ses amis de toujours et le danger imminent que représente l’organisation Akatsuki à son encontre…