L'histoire se déroule environ deux mois après les événements survenus sur le sous-marin Tuatha de Danaan.L'organisation Mithril a vent d'une organisation secrète possédant une technologie probablement supérieure à la leur. Cette organisation du nom d'Amalgam possède une « Black Technology » obtenue depuis un « Whispered » et compte bien en obtenir autant que possible. Sagara Sousuke et ses collègues font tout leur possible pour mettre un terme à cette organisation.

Sôsuke Sagara, Kurz Weber et Melissa Mao sont des soldats d’élite, membres de l’organisation mercenaire Mithril et chargés de protéger une jeune lycéenne, Kanamé Chidori, cible d’un groupuscule terroriste particulièrement dangereux et bien équipé. C’est le sergent Sagara, le plus jeune de l’équipe, qui se charge d’infiltrer l’école dans laquelle se trouve Kanamé. Malheureusement, enfant-soldat depuis son plus jeune âge, celui-ci n’a aucune connaissance ni expérience de la vie en tant que simple civil, et ses interventions manquent souvent du tact et de la discrétion les plus élémentaires : rapidement, Kanamé commence à se douter de quelque chose, et son tempérament impulsif l’amène à vouloir en savoir plus…